亞細胞定位是查找生物大分子在細胞內的具體存在的位置，如在核內、胞質內或者細胞膜上存在。常見的亞細胞定位方法有生物信息學預測法、免疫熒光法、GFP融合蛋白表達法。
不同的細胞器往往具有不同的理化環境，它根據蛋白質的結構及表面理化特征，選擇性容納蛋白。
蛋白質表面直接暴露于細胞器環境中，它由序列折疊過程決定，而后者取決于氨基酸組成。因此可以通過氨基酸組成進行亞細胞定位的生物信息學預測。
