底物與鋅和乙醇脫氫酶配位，每個亞基有兩個鋅原子。其中一個是參與催化的活性位點，配體是Cys-46, Cys-174,His-67和一個水分子。 另一亞基則涉及結構。在這種機制下，氫化物從乙醇到達NAD +。晶體結構表明，His-51去掉了煙酰胺核糖的質子，而正是煙酰胺核糖去掉了Ser-48的質子。最后，Ser -48使乙醇去質子化，使之成為乙醛。從機械的角度來看，如果酶結合了氫化物到達NAD +的Re面時，產生的氫氣將被納入pro-R位置。當氫化酶添加在Re面時，被視為A類脫氫酶。
