PSⅡ的功能是利用從光中吸收的能量將水裂解,并將其釋放的電子傳遞給質體醌,同時通過對水的氧化和PQB2-的還原在類囊體膜兩側建立H+質子梯度。
PSⅡ行使功能的前提是吸收光能,PSⅡ將LCHⅡ吸收的光能傳遞給PSⅡ反應中心,使中心色素產生一個高能電子,并傳遞給原初電子受體。這一過程產生了帶正電荷的供體(P680+)和一個帶負電荷的原初電子受體(Pheo-),這一對相反帶電性物質的形成非常重要,它們能夠引發進一步的反應。因為P680+可以作為氧化劑,接受電子,引發水的光解,導致水氧化釋放的電子向PSⅡ的傳遞; 而Pheo-可以作為還原劑,丟失一個電子,引起電子向質體醌的傳遞。