一、全流程的質量控制
在新型冠狀病毒的檢測過程中，三個最為關鍵的要素是人員，實驗室和試劑盒。
首先，核酸檢測的整個檢測流程操作復雜，不同產品因存在不同反應體系及適用機型等因素，操作過程中試驗人員應按照各自產品說明書要求進行。
實驗室檢測往往從樣本提取開始，但實際上，要保證樣本的檢測準確，應從患者樣本的采集開始進行質量控制，并對后續各個流程規范操作（如樣本的保存、轉運等）。有研究表明，不同人員對同一患者的樣本進行采集，可能存在不同的檢測結果。試劑在保存、運輸及使用過程中操作不當均可能影響其檢測結果。因此，需要嚴格按照說明書的規定操作。
其次，新型冠狀病毒傳播能力強，危險系數高，個人防護應為生物安全三級實驗室級別。每個操作人員必須具備專業技能且擁有PCR檢驗資質。整個操作過程中需防范氣溶膠污染對人員的感染風險，并做到準確加樣和正確使用試劑和耗材。
最后，為防止病毒擴散，檢測新型冠狀病毒的實驗室必須達到生物安全二級（P2）及以上實驗室條件，實驗室管理應嚴格按照PCR基因擴增實驗室的管理規范，實驗操作必須嚴格分區，各區域使用的儀器、設備、耗材和工作服必須專用，不得交叉使用，避免污染。
所有檢測樣本應視為具有傳染性物質，實驗過程中穿工作服，戴一次性手套并經常替換手套以避免樣本間的交叉污染；樣本操作、廢棄物處理均需符合衛生部《微生物生物醫學實驗室生物安全通用準則》和《醫療廢物管理條例》等相關法規要求。
二、檢測結果判斷要求
目前批準產品均基于新型冠狀病毒基因組中開放讀碼框1a/b（open reading frame 1ab，ORF1ab）、包膜蛋白（Envelope protein，E）和核衣殼蛋白（nucleocapsid protein，N）進行選擇。不同產品的檢測原理基本一致，但是其引物、探針設計存在不同，有單靶區段（ORF1ab）、雙靶區段（ORF1ab、N蛋白）、三靶區段（ORF1ab、N蛋白和E蛋白）的檢測和判讀差別。建議使用者應嚴格按照不同企業說明書規定的判讀方式進行判讀。
依據《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案（試行第五版）》確診病例要求，臨床診斷病例或疑似病例，具備以下病原學證據之一者：1.呼吸道標本或血液標本實時熒光RT-PCR檢測新型冠狀病毒核酸為陽性；2.呼吸道標本或血液標本病毒基因測序，與已知的新型冠狀病毒高度同源。
如臨床人員對檢測結果感覺明顯不符。建議對整個檢測環節（如：對樣本的采集、轉動及處理等環節）進行分析。應關注檢測結果為陰性的患者，不排除新型冠狀病毒早期感染或其他呼吸道病毒感染等。如條件允許，建議采集痰液或肺泡灌洗液等敏感性更高的樣本進行復測。