低聚異麥芽糖對人體無任何副作用，但它與某些藥物一起服用時會產生一些不良反應，致使胃部不適，所以，服用藥物和低聚異麥芽糖的時間最好間隔2小時。另一方面，低聚異麥芽糖屬于非發酵性糖物，與藥物一起服用會阻礙人體對藥物的吸收，降低藥效。
低聚異麥芽糖既可以添加于各類食品中，也可以直接食用。因為有些食品添加低聚異麥芽糖只是為了尋求一個賣點，少量添加或根本不添加便大肆渲染，“該產品富含雙歧因子”，致使廣大消費者誤認為低聚異麥芽糖效果不明顯。
實踐證明，低聚異麥芽糖的效果是非常顯著的，其最方便、最有效、又最便于控制的方法是直接食用。直接食用時，既可用水沖飲，也可添加在稀飯等食物中。
低聚異麥芽糖間接生理功效：
1、促進食物消化、吸收，維持腸道正常功能。
2、恢復抗菌素治療、放射線治療、化學治療期間腸道正常菌落。
3、改善腹瀉與便秘，抑制病原菌和腐敗菌。