低壓制備色譜通常有兩種模式,一種是在柱上方加壓,另一種是在柱下方減壓。除了加減壓外,其他的與經典柱色譜法基本一致。減壓一般是用真空泵來完成,加壓一般用空氣泵氮氣鋼瓶蠕動泵等完成。在低壓制備色譜中使用的是顆粒較大的填料,因此其分辨率是有限的。