儀器分析法在提升食品檢測質量的同時，也受到儀器、專業知識、檢測方法、樣品采集等因素影響，因此，除了要掌握相應的檢測方法外，還要從以下幾個方面進行檢測質量控制，提高現代儀器分析的可靠性和準確性。
2.1 選擇分析方法，消除干擾因素
要根據不同食品檢測樣品的特性、含量選擇不同的儀器分析法，確定標準曲線、內標法等等。要保證分析方法的選擇與檢測對象相適應，通過理論和檢測實踐經驗的積累，最大限度地消除各種方法的局限性，例如，選擇適宜的儀器工作參數，加入基體改進劑，改變測量方式，做好基體匹配等方式消除和減少不利因素的干擾。
2.2 選擇標準，正確使用
儀器分析多采取相對分析，驗證的方法和分析測定都需要選擇和使用相應的標準，工作標準要嚴格按照國家標準或行業標準，并定期對標準物進行比對。在選擇和使用標準物時要做到：無證標準物堅決不用；嚴格按照標準物的使用要求，如標準值所對應的溫度、取樣量等；過期的標準物也堅決不用，以保證使用到的標準物始終處于良好質量狀態，為檢測分析提供依據。
2.3 確定樣品處理方法
分析方法的應用需要與樣品的特點保持一致，不同的樣品處理方法也不盡相同，要根據樣品、儀器、分析對象等等選擇合適的樣品處理方法，盡量選擇無損失、無污染以及受到干擾小的樣品，按照檢測樣品的處理條件合理選擇測定方法，保障測定結果與標準值的一致性，如果出現較大誤差，則要進一步改進方法，直到考查樣品的結果與標準值相符合。
要保障食品檢測質量，除了上述方法之外，還需要提高廣大檢測人員的專業素質，熟練掌握分析方法以及儀器性能，在檢測過程中盡量減少環境以及試劑對分析結果的影響，保障檢測質量。