肽酶是一種能夠水解肽鏈的酶，是國際生物化學和分子生物學聯盟命名委員會（Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology，NC-IUBMB）推薦的作為所有蛋白水解酶的一般術語，可以分為兩大類型，即內肽酶(E.C.3.4.21~3.4.99)和外肽酶(E.C.3.4.11~3.4.19)：其中內肽酶作用于多肽鏈內部的特定肽鍵，如存在于動物消化道的胃蛋白酶、胰蛋白酶和糜蛋白酶等，這些酶對不同氨基酸組成的肽鍵有特異性；外肽酶作用于蛋白質肽鏈兩端肽鍵的酶，作用于氨基端肽鍵的稱氨基肽酶，作用于羧基端肽鍵的稱為羧基肽酶。食物蛋白質在消化道中經過各種肽酶的連續作用，最后分解成為游離氨基酸。