大部分的巨噬細胞會聚集在一些易于被微生物入侵或囤積塵埃的組織器官中。每一種固定巨噬細胞都會因所在部位的不同而得到不同的特定名稱。
庫佛氏細胞的研究受到限制，因為只有來自活檢或尸檢的人類庫佛氏細胞可以用于免疫組織化學分析。而要在老鼠中把之分離是非常困難的，而且在提純以后，亦只能從一只鼠身上獲得大約五百萬個細胞。
巨噬細胞在器官中亦有旁泌性功能，這也是為該器官的功能而獨有的。以睪丸為例，巨噬細胞能夠分泌氧甾體以及25-羥基膽固醇（可以在睪丸間質細胞附近轉換為睪丸酮）來與睪丸間質細胞相互作用。而且，在睪丸中睪丸巨噬細胞能夠參與形成一個免疫特化的環境，以及在睪丸發炎期間介導不育。