乙型肝炎病毒（HBV）為專一的嗜肝病毒，近年由于核酸分子雜交技術的進展，在肝外器官細胞也能檢出HBV-DNA。通過北京乙肝肝病毒試驗研究提供了在肝外細胞復制的證據。人HBV也可能在肝外細胞內復制，有待深入研究。
HBV感染者血清經電鏡檢查有3種病毒顆粒：
①Dane顆粒（HBV顆粒），外殼蛋白HBsAg，核心含有HBV-DNA及HBVDNAp（DNA-多聚酶）、HBcAg、HBeAg；
②小球形顆粒；
③管形顆粒。
后二者為HBV復制過程中過剩的病毒外（HBsAg），不含核酸。
HBV基因組（HBV-DNA）由雙鏈不完全環形結構的DNA組成，含3200個核苷酸。由于其宿主范圍較小，體外細胞培養分離病毒尚未成功。
近年隨著分子克隆技術的應用及體外培養細胞系轉染的成功，對HBV復制過程有了進一步的了解。HBV-DNA分為負鏈（長鏈）及正鏈（短鏈）所組成。
其負鏈有4個開放讀碼框架（OpenReadingFrame，ORF）：
①S基因區，由S基因，前S2(pre-S2)基因、前S1(pre-S1)基因組成。分別編碼HBsAg，pre-S、pre-S1及多聚人血清白蛋白受體（PHSA-R）；
②C基因區，由前C基因和C基因組成。分別編碼HBeAg及HBcAg；
③P基因區，編碼HBV-DNAp，并具有逆轉錄酶活性；
④X基因區，編碼HBxAg，并具有激活HBcAg基因的作用。
