熒光原位雜交技術技術原理是將熒光素直接或間接標記的核酸探針[或生物素、地高辛、dinit rophenyl（I）NP）、aminoacetylAAFfluorine（AAF）等標記的核酸探針與待測樣本中的核酸序列按照堿基互補配對的原則進行雜交，經洗滌后直接在熒光顯微鏡下觀察。
熒光原位雜交技術是一種重要的非放射性原位雜交技術，原理是利用報告分子（如生物素、地高辛等）標記核酸探針，然后將探針與染色體或DNA纖維切片上的靶DNA雜交，若兩者同源互補，即可形成靶DNA與核酸探針的雜交體。此時可利用該報告分子與熒光素標記的特異親和素之間的免疫化學反應，經熒光檢測體系在鏡下對待DNA進行定性、定量或相對定位分析。